更新日：2014年6月9日
１ AH1pdm09ウイルスのHA遺伝子系統樹
AH1pdm09の流行株は、ワクチン株（A/California/7/2009）から伸びた枝に含まれていました。昨シーズン（2012/2013年）の流行株とは異なる位置にありましたが、他の亜型ウイルスに比べて変異は小さいものと推察されます。
このためWHOによる次のシーズン（2014～2015年）のワクチン推奨株には、引き続きA/California/7/2009類似株が選定されています。
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東京都におけるAH1pdm09インフルエンザウイルスのHA遺伝子系統樹（2013～2014年シーズン）
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２ AH3亜型ウイルスのHA遺伝子系統樹
A/H3亜型の流行株は、ワクチン株（A/Texas/50/2012）や昨シーズンの流行株を含む枝に属していました。このためA/H3亜型の次期シーズンワクチン推奨株にも、引き続きA/Texas/50/2012類似株が選定されています。
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東京都におけるAH3亜型インフルエンザウイルスのHA遺伝子系統樹（2012～2013年シーズン）
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３ B型ウイルスのHA遺伝子系統樹
B型は、昨シーズン同様Victoria系統株とYamagata系統株が混在する流行となり、シーズンを通して両系統株が検出されました。AH1pdm09やAH3亜型の流行に重なる形で小流行が確認されましたが、B型の流行はA型の流行が落ち着いた後も続いています。今シーズンの流行もVictoria系統に比べ、Yamagata系統が優勢であったため、WHOの次期シーズン3価ワクチン推奨株にはB/Massachusetts/2/2012が選定されています。
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東京都におけるB型インフルエンザウイルスのHA遺伝子系統樹（2013～2014年シーズン）
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